Органом управления епархией, согласно Устава Русской Православной Церкви, является Епархиальный совет.
Председателем Епархиального совета является епископ Великолукский и Невельский Варнава.
Состав Епархиального совета:
- Иерей Вадим Яковлев, секретарь Великолукского епархиального управления, настоятель храма святителя Тихона Патриарха Всероссийского, святых Новомучеников и Исповедников Российских г. Великие Луки – секретарь Епархиального совета;
- Протоиерей Стефан Вахрушев, благочинный Новоржевского церковного округа, настоятель храма Рождества Христова г. Новоржев – заместитель председателя Епархиального совета;
- Архимандрит Макарий (Швайко), настоятель храма в честь иконы Божией Матери «Призри на смирение» д. Махново Бежаницкого района Псковской области – член Епархиального совета;
- Игумен Василий (Бурков), наместник Свято-Успенского Святогорского монастыря п. Пушкинские горы Псковской области – член Епархиального совета;
- Протоиерей Петр Нетреба, настоятель Свято-Троицкого кафедрального собора г. Невель Псковской области – член Епархиального совета;
- Протоиерей Иоанн Ильницкий, благочинный Великолукского церковного округа, настоятель храма Святителя Николая г. Новосокольники – член Епархиального совета;
- Протоиерей Николай Ильницкий, благочинный Опочецкого церковного округа, настоятель храма Преображения Господня г. Опочка Псковской области – член Епархиального совета;
- Иерей Василий Нетреба, благочинный Невельского церковного округа, настоятель храма Святой Троицы в г. Себеж Псковской области – член Епархиального совета.
