Исполнительно-распорядительным органом епархии, находящимся под непосредственным руководством епархиального архиерея, является Епархиальное управление, которое имеет свою канцелярию, бухгалтерию, архив и иные вспомогательные отделы, обеспечивающие разнообразные виды епархиальной деятельности и располагается по адресу: 182112 Псковская область, г.Великие Луки, ул. Ставского, д. 63/4

Епархия разделяется на благочиннические округа во главе с благочинными, назначаемыми епархиальным архиереем. Сегодня в Великолукской епархии 4 благочиннических округа.

Благочиннические округа объединяют 74 прихода 39 часовен и 1 монастырь.Разница между количеством официально зарегистрированных приходов и действующих храмов объясняется тем, что 28 из них являются приписными. При всех приписных храмах и большинстве часовен есть группы активных прихожан. Параллельно идет процесс организации новых приходов и передачи им разрушенных храмов. В тех местах, где храмов не было исторически, начинается строительство новых.

В 2020 году в Великолукской епархии совершают служение 82клирика, из которых 72 священника и 10диаконов.