Преподобный Нил Столобенский родился в семье крестьянина в небольшом селении Новгородской епархии. В 1505 году он принял постриг в обители преподобного Саввы Крыпецкого близ Пскова. После 10 лет подвижнической жизни в киновии удалился на реку Серемлю, в сторону города Осташкова, где 13 лет вел строгую аскетическую жизнь в непрерывной брани с кознями диавола, которые выражались в явлениях призраков – га-дов и диких зверей. Многие жители из окрестных мест стали приходить к преподобному за наставлениями, но он стал этим тяготиться и молить Бога указать ему место для подвига безмолвия. Однажды после долгой молитвы он услышал голос: «Нил! Иди на озеро Се-лигер. Там на острове Столобенском ты можешь спастись!» От приходивших к нему лю-дей преподобный Нил узнал, где находится озеро и, придя туда, был поражен его красотой.
В середине озера – покрытый густым лесом остров; на нем преподобный нашел небольшую гору и выкопал пещеру, а спустя некоторое время построил хижину, в которой и прожил 26 лет. Подвиги строгого постничества и безмолвия сопровождал еще и другим, особенным подвигом – никогда не ложился спать, а позволял себе лишь легкую дремоту, опираясь на крюки, вделанные в стену келлии.
Богоугодная жизнь преподобного много раз возбуждала зависть врага, которая проявля-лась через злобу местных жителей. Однажды кто-то поджег лес на острове, где стояла хижина преподобного, но пламя, дойдя до горы, чудесным образом угасло. В другой раз в хижину ворвались грабители. Преподобный сказал им: «Все мое сокровище в углу келлии». Там стояла икона Богоматери. Разбойники стали искать деньги и ослепли. Тогда в слезах раскаяния стали они молить святого о прощении.
Известны и многие другие чудеса, совершенные преподобным. Он безмолвно отказывался от приношений, если совесть у приходивших к нему была нечиста или они находились в нечистоте телесной.
В предчувствии кончины преподобный Нил приготовил себе гроб. А к самому времени преставления прибыл на остров игумен одного из близлежавших монастырей и приоб-щил его Святых Тайн. По уходе игумена преподобный Нил в последний раз совершил молитву, окадил святые иконы и келлию и предал Господу бессмертную свою душу 7 декабря 1554 года. Прославление его святых мощей (ныне почивающих в Знаменском храме г. Осташкова) совершилось в 1667 году с установлением празднования 27 мая и в день преставления.
Преподобный Нил Столобенский преставился 7 декабря 1554 года.
Много лет спустя на остров озера Селигер, где подвизался святой подвижник, пришел иеромонах Герман и вслед за ним холмогорец, странник Борис. Вместе они поселились на острове и построили храм в честь Богоявления с приделом во имя святого блаженного Ва-силия, Московского чудотворца. Со временем на месте подвигов преподобного Нила возникла обитель, названная его именем. Иноками Оршина монастыря была написана икона преподобного Нила, на месте погребения святого стали совершаться чудесные исцеления больных. Впоследствии живший в обители святитель Нектарий, архиепископ Сибирский и Тобольский, решил построить каменный храм вместо прежнего, деревянного. Во время закладки фундамента земля осыпалась и открылись нетленные мощи преподобного Нила. Обретение мощей произошло 27 мая 1667 года, одновременно было установлено праздно-вание преподобному в честь этого события.